Меню
Публикации
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
2002
2001
Главный редактор
НИКИФОРОВ
Владимир Олегович
д.т.н., профессор
Партнеры
doi: 10.17586/2226-1494-2018-18-6-1066-1073
ПОДХОДЫ К АНАЛИЗУ ВЗАИМОСВЯЗИ ГЕНОТИПА И ФЕНОТИПА ПРИ ПОМОЩИ QTL-АНАЛИЗА
Читать статью полностью
Язык статьи - английский
Ссылка для цитирования:
Аннотация
Ссылка для цитирования:
Фурта Е.Ю., Шабалина И.М. Подходы к анализу взаимосвязи генотипа и фенотипа при помощи QTL-анализа // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2018. Т. 18. № 6. С. 1066–1073. (на англ. яз.). doi: 10.17586/2226-1494-2018-18-6-1066-1073
Аннотация
Описаны методы QTL-анализа в исследовании влияния генотипа на фенотип. QTL-анализ основан на внутривидовой изменчивости, которая приводит к количественным изменениям исследуемого признака. С его помощью можно выявлять участки хромосом, где расположены гены или группы тесно сцепленных генов, обнаруживающих значительное количественное влияние на признак, и оценить такое влияние. Необходимым условием проведения QTL-анализа является построение карты сцепления. Карты сцепления (молекулярно-генетические карты, linkage-карты) отражают позицию маркеров и относительные генетические расстояния между маркерами вдоль хромосом. Исходные данные для исследования получены лабораторией молекулярной генетики врожденного иммунитета Петрозаводского государственного университета. Суть проекта, проводимого совместно с лабораторией, заключалась в исследовании массивов данных генетической информации для выявления и моделирования взаимосвязей между генотипом и фенотипом биологических организмов. В эксперименте использованы гибриды мышей второго поколения линий C57BL/6 и MOLF. Генотипирование и фенотипирование проводилось на основе данных секвенирования (определение аминокислотной и нуклеотидной последовательности) матричной РНК. Практическим результатом работы является выявление цепочек активированных генов, под влиянием которых происходит отмирание клеток исследуемых тканей и органов (апоптоз). Для поиска таких генов использован метод генетического анализа, т.е. скрещивались особи противоположного фенотипа и анализировалось получаемое потомство. Использованы методы прикладной и математической статистики. Результатом исследования стала разработанная методика анализа связи фенотипа и генотипа, с помощью которой выявлены группы значимых фенотипов.
Ключевые слова: QTL, построение молекулярных карт, генотип, фенотип, биологические пути
Список литературы
Список литературы
-
Miles C.M., Wayne M. Quantitative trait locus (QTL) analysis //Nature Education. 2008. V. 1. N 1. P. 208.
-
Volkova T., Furta E., Dmitrieva O., Shabalina I. Pattern building methods in genetic data processing // Journal on Selected Topics in Nano Electronics and Computing. 2014. V. 2. N 1. P. 2–6. doi: 10.15393/j8.art.2014.3041
-
Хлесткина Е.К. Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2013. Т. 17. Т 4-2. С. 1044–1054.
-
Biological Pathway Fact Sheet - National Human Genome Research Institute. URL: https://www.genome.gov/27530687 (accessed 21.09.18).
-
Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 5th ed. New York: W.H. Freeman, 2008.
-
Reece J.B., Urry L., Cain M.L., Wasserman S.A. et al. Campbell Biology. 9th ed. Boston: Benjamin Cummings, 2011. 143 p.
-
Cornish-Bowden A., Cardenas M.L. Irreversible reactions in metabolic simulations: how reversible is irreversible? / In: Animating the Cellular Map. Stellenbosch, South Africa:
Stellenbosch University Press, 2000. P. 65–71. -
Bradshaw R.A., Dennis E.A. (eds.) Handbook of Cell Signaling.2nd ed. Amsterdam, Netherlands: Academic Press, 2010. 2875 p.
-
Broman K.W., Sen S. A Guide to QTL Mapping with R/qtl. Springer, 2009. 396 p.
-
Broman K.W. Review of statistical methods for QTL mapping in experimental crosses // Lab Animal. 2001. V. 30. N 7. P. 44–52.
-
Кузнецов В.В., Романов Г.А. молекулярно-генетические биохимические методы современной биологии растений. М.: Бином. Лабораториязнаний, 2015. 487 с.
-
Chen Z. The full EM algorithm for the MLEs of QTL effects and positions and their estimated variances in multiple-interval mapping // Biometrics. 2005. V. 61. N 2. P. 474–480. doi: 10.1111/j.1541-0420.2005.00327.x
-
Haley C.S., Knott S.A. A simple regression method for mappingquantitative trait loci in line crosses using flanking markers // Heredity. 1992. V. 69. N 4. P. 315–324. doi: 10.1038/hdy.1992.131
-
Айвазян С.А., Бухштабер В.М., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д.Прикладная статистика: классификация и снижение размерности. М.: Финансы и статистика, 1989. 608 с.
-
Айвазян С.А. Теория вероятности и прикладная статистика.М.: Юнити, 2001. 641 с.