УДК004.021

МЕТОД ИСПРАВЛЕНИЯ ОШИБОК В НАБОРЕ ЧТЕНИЙ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.


Читать статью полностью 

Аннотация

Задача секвенирования и сборки больших геномов является одной из актуальных задач современной биоинформатики. Исходными данными для сборки генома являются так называемые чтения, получаемые с помощью машин-секвенаторов. Эти чтения могут содержать ошибки, вызванные тем, что секвенирование основано на выполнении ряда химических реакций. Часто одним из этапов сборки генома является исправление ошибок в наборе чтений. Большинство методов исправления ошибок в чтениях строят граф де Брюина. Предлагаемый метод не использует граф де Брюина, что позволяет существенно сократить использование памяти. Метод реализован и опробован при сборке генома в рамках проекта «de novo Genome Assembly Project».


Ключевые слова:

геном, секвенирование, сборка генома, исправление ошибок.



Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License
Информация 2001-2019 ©
Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики.
Все права защищены.

Яндекс.Метрика