Меню
Публикации
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
2002
2001
Главный редактор
НИКИФОРОВ
Владимир Олегович
д.т.н., профессор
Партнеры
УДК 004.021
Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.
Читать статью полностью
Аннотация
МЕТОД СБОРКИ КОНТИГОВ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ НА ОСНОВЕ СОВМЕСТНОГО ПРИМЕНЕНИЯ ГРАФОВ ДЕ БРЮИНА И ГРАФОВ ПЕРЕКРЫТИЙ
Читать статью полностью
Аннотация
Предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на два этапа – сборка квазиконтигов из чтений и сборка контигов из квазиконтигов. На первом из этапов используется граф де Брюина, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях генома рыбы Maylandia zebra, размер генома которой составляет примерно миллиард нуклеотидов. Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенного меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома
Ключевые слова:
сборка генома, контиги, граф де Брюина, граф перекрытий
